インストール

要件

NetPyNE をインストールする前に、以下がインストールされていることを確認してください。

Python 2 または 3 (2.7 およびバージョン > 3.6 がサポートされています)。 Python と多くの必要なパッケージが既にインストールされているパッケージ/環境マネージャー Anaconda をお勧めします。あるいは、Python のインストールは、Python の公式 Web サイトから行うこともできます。 Windows を使用している場合は、Windows サブシステム Linux (推奨) を使用するか、Windows 上の Anaconda ディストリビューションを通じて Python を使用するためのクイックスタートガイドを参照してください。
Python パッケージをインストールするための pip ツール。 pip のインストールはこちらを参照してください。
NEURON シミュレーター。 NEURON のインストール手順を参照してください。並列シミュレーションを実行したい場合は、必ず MPI サポートを備えた NEURON をインストールしてください (クイックスタートガイドも参照)。 Linux または Mac の場合の注意: Linux または Mac 上の最新の NEURON バージョンは、pip install neuron から簡単にインストールできます。

注： Windows ユーザーは、Windows サブシステム Linux を利用して、Linux 環境を再作成できます。

よくある質問。これまで、パス定義により、Python、NEURON、または NetPyNE の実行に問題が発生していました。パスマネージャーを使用すると、これを解決できます (Anaconda、Miniconda など)。インストールするときは、すべての推奨パス定義がインストールに含まれるように注意してください。

pip 経由で NetPyNE の最新リリースバージョンをインストールします (推奨)

Linux (または WSL を介した Windows) または Mac OS:

端末から:

pip install netpyne

窓

Anaconda PowerShell またはユーザーが事前に構成した端末から:

pip install netpyne

pip 経由で NetPyNE の最新リリースバージョンにアップグレードします。

NetPyNE がすでにインストールされており、最新バージョンに更新したい場合は、このオプションを使用します。

Linux (または WSL を介した Windows) または Mac OS:

端末から:

pip install netpyne -U

Windows:

Anaconda PowerShell またはユーザーが事前に構成した端末から:

pip install -U netpyne

GitHub および pip 経由で NetPyNE の開発バージョンをインストールします

NetPyNE パッケージのソースファイルとサンプルモデルは、GitHub 経由で次の場所から入手できます: https://github.com/Neurosim-lab/netpyne. 次の手順では、GitHub の「開発」ブランチにバージョンをインストールします。これには、最新の機能強化とバグ修正の一部が含まれますが、一時的なバグも含まれる可能性があります。

git clone https://github.com/suny-downstate-medical-center/netpyne.git
cd netpyne
git checkout development
pip install -e .

pip は、デフォルトの Python パッケージディレクトリ内のシンボリックリンクをクローンされた NetPyNE ディレクトリに追加します (そのため、PYTHONPATH を変更する必要はありません)。新しい変更が利用可能な場合は、クローンされた NetPyNE ディレクトリから git pull を実行するだけです。

このバージョンは、パッケージの拡張に関心のある開発者も使用できます。

NetPyNE GUI のブラウザベースのオンラインバージョンを使用します (ベータ版)

NetPyNE GUI は、v2.opensourcebrain.org からオンラインで入手できます。このオンライン版には最大同時ユーザー数があるため、ログインできない場合は、しばらくしてからもう一度お試しください。

注: GUI には、NetPyNE コード/モデルを直接実行するために使用できる (つまり、実際のグラフィカルインターフェイスを使用せずに) インタラクティブな Python Jupyter Notebook (左下の「Python」アイコンをクリック) も含まれています。