OpenSourceBrain Documentation: シミュレーター
このページは外部資料の日本語訳です。原文の見出し順と本文順を保ち、コード・URL・出典表記はできるだけ原形のまま残しています。
出典とライセンス
原典: https://github.com/OpenSourceBrain/Documentation/blob/main/source/OSBv1/Simulators.md
ライセンス: CC BY 4.0。このページは日本語翻訳であり、変更点は翻訳とサイト内整形です。
シミュレーター
OSB のモデルの主なターゲット シミュレーターの概要
注意: すべてのシミュレータがすべてのモデルを実行できるわけではありません。 OSB の各モデルでサポートされているシミュレータの詳細については、ここ を参照してください。
OSB 上のモデルの NeuroML 要素を処理できるその他のツール (モデルの視覚化、分析など) については、ここ を参照してください。
ブライアン
Brian は ここ からダウンロードできます。 OSB には ブライアン・ショーケース プロジェクトがあります。
NeuroML のモデルを Brian との間で変換するためのネイティブ サポートの強化は、NeuroML v2.0 で開発中です。 ここ を参照してください。
Brian は現在、NeuroML モデルの ぴんん への変換によってもサポートされています。 ここ を参照してください。
ジェネシス 2
GENESIS 2 は ここ からダウンロードできます。
GENESIS 2 で NeuroML モデルを実行するためのサポートは、主に ニューロコンストラクト によるスクリプトの生成によって有効になりますが、ここ も参照してください。
ジェネシス 3/ニューロスペース
GENESIS 3/ニューロスペースは ここ で入手可能です。
GENESIS 3 は現在、NeuroML 形式 (形態学 + パッシブ パラメーター) でのパッシブ モデルのネイティブ読み取りをサポートしています。
最近の GENESIS 3 を使用した計算神経科学におけるマルチスケール モデリングに関するワークショップ の参加者は、neuroConstruct が生成した GENESIS 2 スクリプトを GENESIS 3 上で実行することに成功したと報告しました。
ムース
MOOSE は ここ で入手可能です。
MOOSE における NeuroML (バージョン 1 および 2) のネイティブ サポートは現在開発中ですが、ニューロコンストラクト を使用して NeuroML モデルから MOOSE コードを生成することもできます。
MOOSE ここ の最新の開発状況をフォローしてください。
モーグリ は MOOSE の姉妹プロジェクトであり、ニューラル シミュレーション用のシミュレーターに依存しない OpenGL ベースの視覚化ツールです。
ニューロン
NEURON は ここ で入手可能です。 OSB には NEURONショーケース プロジェクトがあります。
NEURON では NeuroML セルの読み取り/書き込みがネイティブでサポートされています。ここ を参照してください。
ニューロコンストラクト を使用して、NeuroML モデルから NEURON コード (Parallel NEURON を含む) を生成することもできます。
巣
NEST は ここ からダウンロードできます。
NEST は現在、NeuroML モデルを ぴんん に変換することでサポートされています。 ここ を参照してください。
NEST のネイティブ サポートの強化は NeuroML v2.0 で計画されています (ここ を参照)。
PSICS
PSICS は ここ で利用可能です。
PSICS には NeuroML 用の ネイティブサポート がありますが、ニューロコンストラクト を使用して NeuroML モデルから PSICS コードを生成することもできます。