OpenSourceBrain Documentation: neoConstruct ベースのプロジェクトの使用
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出典とライセンス
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neoConstruct ベースのプロジェクトの使用
OSB 上の多くのプロジェクトは、以下に基づいています。 ニューロコンストラクト プロジェクト (「 ここ)。 neoConstruct は、モデル要素を NeuroML にインポートするために使用されます (例: シミュレーターまたは他のアプリケーション)、複数のシミュレーター用のコードを生成できます。 NeuroML をさまざまな形式でエクスポートできます。
最新バージョンの NeuroConstruct をインストールします
まず、neuroConstruct の最新バージョンを入手します。 NeuroConstruct のダウンロード ページでバイナリ インストーラーを入手できますが、GitHub からこのアプリケーションの最新バージョンを使用することが最善です。これは、OSB 上のプロジェクトが最後に保存されたバージョンである可能性が高いためです。
最新バージョンの Git を入手します (Git の詳細については、ここ を参照してください)。 ソースから NeuroConstruct をインストールする詳細な手順については、ここ を参照してください。
選択したシミュレータをインストールします
OSB でサポートされているシミュレーターの詳細については、ここ を参照してください。
NeuroConstruct ベースのプロジェクトの 1 つのローカル コピーを取得します。
いずれかのプロジェクトのローカル コピーをチェックアウトします。プロジェクト:顆粒セル
git clone https://github.com/OpenSourceBrain/GranuleCell.git
インストール手順の説明に従って、neuroConstruct を実行します。
ファイル、プロジェクトを開く…に移動し、プロジェクトをインストールしたフォルダーに移動してGranuleCell/neuroConstruct/GranuleCell.ncxを選択します。 生成タブに移動し、セルの位置と接続を生成を押します。 [エクスポート] タブに移動し、選択したシミュレーター (例: NEURON) のタブに移動し、[XXX ファイルの作成] を押してから、[XXX シミュレーションの実行] を押します。 これらのシミュレータとneuroConstructの相互作用の詳細については、ここを参照してください。
OSB 上のすべての neoConstruct ベースのプロジェクトを取得する
neoConstruct プロジェクト (およびその他の多くのプロジェクト) を含む OSB 上のすべてのプロジェクトのクローンを作成するには、neuroConstruct ホーム ディレクトリの osb サブフォルダーにある checkOSB スクリプトを使用します。
cd osb
./checkOsb.sh -u (Linux/Mac)
checkOsb.bat -u (Windows)
これにより、~70 のプロジェクトと、~20 の NeuroConstruct プロジェクトが含まれるクローンが作成されます。これらのプロジェクトは、ファイル - オープンソース Brain プロジェクトでアクセスできるようになります。
